В силу тяжелых обстоятельств Алена отправилась в Николаевский монастырь и приняла постриг
Город Касимов они взять не смогли, потому что там уже были царские войска, поэтому остановились в Темникове, чтобы позднее соединиться с отрядом атамана Федора Сидорова, освобожденного разинцами из саранской тюрьмы в сентябре 1670 года. По дороге к ним присоединялись сотни людей, и войско доросло до двух с половиной тысяч. Вместе с войском Сидорова их стало уже почти пять тысяч. Объединенные войска Алены Арзамасской и Федора Сидорова нанесли поражение отряду воеводы Арзамаса Леонтия Шансукова.
Боярин М. Веденяпин в донесении от 28 ноября 1670 года писал:
« А в Темникове-де, государь, воровских людей стоит 4000, устроясь с пушки. Да в темниковском, государь, лесу на засеках на арзамасской дороге… стоит воровских людей от Темникова ж в 10‑ти верстах 8000 с огненным боем. Да к ним же… пришли из Троецкого острогу… с пушки и с мелким ружьем с 300 человек ».
Алена стала градоначальником Темникова. Она поселилась в доме местного воеводы и вместе с Федором Сидоровым держала Темников в своей власти более двух месяцев. Она организовала помощь раненым и обеспечение горожан. Вместе с Сидоровым они собирали советы, на которых вопросы решались сообща. Но горожане вовсе не были рады такому положению дел. Во-первых, было ясно, что город оккупирован преступниками, и рано или поздно его ожидает осада. Во-вторых, восставшие крестьяне не были праведниками, многие из них занимались воровством и разбоем, то есть криминальная обстановка в городе была неблагополучная. Не исключено, что к повстанцам в надежде поживиться охотно примыкали и обычные уголовные элементы – разбойники и грабители.
30 ноября 1670 года правлению Алены и Сидорова пришел конец. Их атаковали царские войска, разбившие лагерь в 15 километрах от города. Силы были неравны. В город вступило войско Василия Ивановича Волжинского, курского воеводы. Он был из рода стряпчих и дворян московских регулярной полковой службы, а при царе Алексее Михайловиче отвечал за сбор налогов в царскую казну и мобилизацию курян на военную службу.
Часть бунтарей бежала. Сидорову удалось скрыться в окрестных лесах. Оставшиеся в городе были выданы воеводе Ю.А. Долгорукому. Алена забаррикадировалась в церкви и отстреливалась от солдат. Немецкий историк XVII века Иоганн Фриш писал: « Она продолжала там так упорно сопротивляться, что сперва расстреляла все свои стрелы, убив при этом еще семерых или восьмерых, а после того, как увидела, что дальнейшее сопротивление невозможно, отвязала саблю, отшвырнула ее и с распростертыми руками бросилась навзничь к алтарю. В этой позе она и была найдена и пленена » (Иоганн Фриш «Поучительные беседы»).