Ещё 28 мая ЦК КПЧ и правительство начали подготовку к предупреждению массовых волнений. Были приведены в боеготовность формирования «Народной милиции». Вечером 30 мая о реформе было заявлено по общегосударственному радио. Через день начались протесты на заводе Škoda в городе Пльзень. С утра 1 июня 1953 тысячи рабочих Пльзеня вышли на площадь Республики. К рабочим присоединились студенты, постепенно количество манифестантов возросло до 20 тысяч. Началось скандирование антиправительственных и антикоммунистических лозунгов, зазвучали требования свободных выборов. Представители, направленные на переговоры с городской администрацией, были арестованы.
Арест вызвал возмущение и спровоцировал атаку на ратушу. Демонстранты ворвались в здание, уничтожали портреты Сталина и Готвальда, заменяя их изображениями Эдуарда Бенеша. Другие группы захватили радиостанцию, суд и освободили около ста политзаключённых из городской тюрьмы. Погромов и грабежей не отмечалось, но избиения протестующими партийных функционеров и агентов госбезопасности имели место. Произошли столкновения с полицией и боевиками милиции КПЧ. В Пльзень были экстренно стянуты усиленные подразделения «Народной милиции», Корпуса безопасности, пограничной охраны и регулярной армии при 80 танках. Был открыт огонь, сотни человек получили ранения. К вечеру контроль властей над Пльзенем был восстановлен. Состоялась демонстрация активистов КПЧ, которые в отместку за Сталина и Готвальда демонтировали памятник Томашу Масарику.
Карательные органы произвели в Пльзене более 650 арестов. 331 человек был осуждён в Пльзене на политических процессах. Около двухсот семей были выселены из города. Прошла волна арестов «неблагонадёжных», особенно социал-демократов. Чистке подверглись и ряды компартии, поскольку немало коммунистов участвовали в протестах. Президент Чехословакии Антонин Запотоцкий выступил с речью, в которой заявил, что партия не позволит «создавать культ рабочего, которому всё позволено». Впоследствии восставших рабочих объявили «буржуазными элементами, переодевшимися в комбинезоны».
В то же время руководство КПЧ, напуганное размахом протестов, в определённой степени скорректировало социально-экономическую политику. Уже 8 июня было сообщено о ряде уступок в проведении денежной реформы, снижены цены на некоторые товары повседневного спроса. Были перераспределены объёмы инвестиций, увеличены вложения в потребительский сектор, заявлено о допустимости выхода крестьян из принудительно коллективизированных хозяйств. Одновременно укреплялись административные и карательные структуры, резко выросла численность «Народной милиции», усилились репрессии против подпольных организаций.