После того, как Красная армия выбила белогвардейцев из Крыма, сонная жизнь Балаклавы закончилась. В 1923 году в конфискованных у эксплуататоров особняках разместилась «Экспедиция подводных работ особого назначения». ЭПРОН развернул масштабные работы по подъему многочисленных затонувших и потопленных за годы войн судов и кораблей. Вскоре ЭПРОН распространил свою деятельность на Балтийское, Баренцево и Японское море. Филиалы экспедиции появились в Новороссийске, Мурманске, Баку и Владивостоке. В связи с расширением деятельности управление организации переместилось в Ленинград, а в Балаклаве остался Военизированный морской водолазный техникум ЭПРОНа, подведомственный НКВД.
В 1928 году Балаклава стала базой 2-го Черноморского отряда пограничных судов НКВД. А в 1935 году в Балаклаву из Севастополя перебазировали 1-ю морскую школу младшего командного состава пограничных войск НКВД. Так что, Балаклавская бухта фактически стала военным объектом НКВД. Население города достигло 5 тысяч человек, из которых более полутора тысяч составили военные.
Штатный состав всех объектов НКВД разместили на жительство в экспроприированных особняках и дачах. Правда, после ходатайства председателя ВСНХ и наркома образования в Совнарком, заслуженной профессуре, причисленной к трудовому народу, дачи вернули, но, далеко не полностью. Профессоров уплотнили по нормативам, оставив им по 2 — 3 комнаты в доме, а на освободившуюся площадь заселили семейных командиров НКВД.
Занятия контрабандой местным грекам пришлось оставить. Под носом у пограничной охраны НКВД это стало совершенно невозможным. Предприимчивые греки пошли работать в учреждения НКВД кладовщиками, мотористами, механиками и матросами. Их жены устроились поварихами и подавальщицами в столовые, прачками и швеями в хозчасти, домработницами к старшим командирам и советским служащим.
Жизнь в бухте закипела. Построенные в бухте многочисленные причалы заполнились судами. Выходили на дежурство и возвращались пограничные катера, водолазы тренировались с водолазных ботов в бухте и в море, выходили на учебные стрельбы плавсредства школы комсостава. Оставшиеся у местных рыбаков два десятка баркасов тоже почти ежедневно выходили в море на ловлю. Не говоря уже о гребных и парусных яликах, шлюпках и баркасах, принадлежащих морской школе, местным жителям и дачникам. Курсанты осваивали греблю, дачники катались, а местные ловили рыбу.
В 30-е годы разросшаяся Балаклава вместе с прилегающим селом Кадыковка и двумя ближайшими деревнями была включена в черту города Севастополь и получила статус городского района. Соответственно, в ней были сформированы все партийные и административные структуры, присущие району: райком ВКП(б), районный исполнительный комитет, райком ВЛКСМ и прочие организации.