В книге много внимания уделяется науке и технике, которые связаны с подводным плаванием. Например, рассказывается, как «Наутилус» может погружаться на большую глубину, как управлять судном и как поддерживается воздух внутри лодки. Профессору нравится изучать эти детали, и капитан Немо охотно объясняет ему все.

Основной конфликт книги связан с разными взглядами на жизнь. Капитан Немо решил уйти от людей и жить в подводном мире, потому что он разочаровался в обществе. Профессор Аронакс, наоборот, человеком остаётся, и ему трудно принять изоляцию. В ходе путешествия они обсуждают свободу, науку и отношения человека с природой. Герои учатся понимать друг друга, но каждый остаётся при своем мнении.

События развиваются медленно и подробно. Герои исследуют разные части океана, видят необычные морские существа и сталкиваются с опасностями. Иногда судно подвергается атакам, бывают моменты, когда все находятся в опасности. Это проверяет дружбу и взаимопомощь между героями.

Профессор Аронакс — главный рассказчик истории. Он умный, любознательный и спокойный человек. Его интересует наука и природа. Вместе с Конселем и Недом он пытается понять загадки океана и живущих там существ. Но главная загадка — это сам капитан Немо и его прошлое. В конце книги становится ясно, что у Немо сложная судьба, и он сделал свой выбор.

Книга показывает, как человек может стремиться к знаниям и открытиям. Также она поднимает вопросы о месте человека в мире и его отношениях с природой. История учит, что у каждого есть своя дорога и свои причины для выбора жизни. «Двадцать тысяч лье под водой» — это рассказ о новых знаниях, приключениях и о том, как важно понимать друг друга.