Одна из важных тем в книге — тайны и секреты. Например, есть упоминание о загадочном Красном Бароне, а также о неких тайных обществах. Главный герой узнает, что вокруг него есть люди, которые не хотят открывать всю правду. Андрей не всегда знает, что думают остальные, и ему приходится быть осторожным с тем, что он спрашивает и кому верит.

Кроме военных дел, в книге описаны и личные отношения. Андрей встречает девушку по имени Амалия. Между ними возникает страсть и чувства. Но Амалия тоже хранит секреты, связанные с Красным Бароном. Она просит Андрея не лезть в эти тайны, пока он не доказал, что ему можно доверять. Это создает дополнительное напряжение в их отношениях.

В книге есть сцены с подготовкой к бою и учениями. Андрей учится обращению с пушками и командует гарнизоном. В диалогах видно, что он уважает солдат и хочет, чтобы они стали лучше. Несмотря на сложности, он стремится выполнять свои обязанности честно и ответственно.

Сюжет развивается постепенно. Андрей сталкивается с трудностями, учится новому и пытается понять, как ему быть в этом чужом для него времени. Он хочет раскрыть секреты, но вынужден проявлять терпение. В книге много моментов, когда герой размышляет о своей судьбе и о тех, кто рядом.

Основной конфликт книги — это борьба Андрея за выживание в чужом времени и за место среди новых людей. Ему приходится решать, кому верить, а кого опасаться. Он учится работать в новых условиях и сохранять свою силу и достоинство. При этом он хочет понять, что значит быть настоящим капитаном и командиром.

«Пират: Красный барон. Капитан-командор. Господин полковник» рассказывает о человеке, оказавшемся в другом мире. Через его глаза читатель видит, как можно найти силы и смысл в сложных обстоятельствах. Главная идея книги — выбор и ответственность героя в новом, непростом мире.