Главным конфликтом в книге является противостояние Эйрика как человека, который объединяет религию и колдовство, с жестокими законами и суевериями того общества. Его подозревают в колдовстве, иногда судят, а порой просто избегают общения с ним. В романе затрагивается тема суда над колдунами, который на самом деле произошёл в 1656 году и считается одним из самых известных в истории Исландии.

Эйрик — не только священник, но и землевладелец. У него есть хозяйство с лошадьми, коровами и овцами. Он аккуратно относится к своему имуществу и заботится о семье. Вместе с женой он проживает в своём доме, где пытается сохранить спокойствие и порядок. В книге показана его душевная жизнь, сомнения и переживания. Его жена Диса терпелива и поддерживает мужа. Они вместе встречают трудности и страхи того времени.

Во время повествования показаны разные эпизоды из жизни Эйрика. Например, он сталкивается с колдовскими судьями и заключёнными, пытается помочь им словом и поступками. Он умеет видеть сны и иногда предчувствовать будущее, но сам не считает себя пророком. Вместе с ним рядом есть друзья и помощники, которые поддерживают или иногда не понимают его.

В книге много описаний происшествий, связанных с мертвецами и сверхъестественным. Эйрик часто оказывается между миром живых и мёртвых, пытаясь понять, как вести себя с духами и магией. Он знает, что подобные вещи не просты и не всегда приносят благо. Его внутренняя борьба отражает конфликт между верой, человеческими страхами и желанием помочь людям.

Кроме главного героя, в книге встречаются и другие реальные исторические личности, например, епископ Бриньоульв Свейнссон. Автор старается точно передать дух времени и условия жизни тех лет, опираясь на археологические и исторические исследования.

Основная идея книги связана с выбором человека между долгом и личными убеждениями, между религией и магией, между страхом общества и внутренней правдой. Эйрик предстает перед читателем человеком, который живёт в жёстких условиях, но пытается сохранить своё достоинство и веру в лучшее.

Таким образом, «Когда запоют мертвецы. Жизнь и приключения пастора и чернокнижника Эйрика Магнуссона» — это рассказ о сложной жизни человека, который стоит на грани двух миров. Его история показывает, как вера, страх и тайны переплетаются в судьбах простых людей XVII века.